连花清瘟对流感有很好的防治作用，这与其组方选择三朝治疫名方，卫气同治，表里双解，先证用药，截断病势，整体调节，多靶点治疗具有很大关系。
连花清瘟组方汇聚三朝治疫名方
连花清瘟是运用中医络病理论探讨外感温病及瘟疫传变的规律及治疗，提出积极干预治疗对策，制定清瘟解毒，宣肺泄热治法，研制出的一个复方中药。其组方融汇了三朝名医治疗疫证的用药精华，中药连花清瘟吸取历代医家治疗外感温病及疫证的用药精华，以《伤寒论》麻杏石甘汤清泻肺热、《温病条辨》银翘散疏散外邪、明代吴又可《温疫论》治疫证用大黄经验通腑泄热；创新性的加入红景天清肺化瘀，调节免疫，体现积极干预的组方特色。现代药理研究发现，连花清瘟具有良好的退热、止咳、抗炎、抗病毒作用。辛凉宣肺与泄热，可以解决患者的发热问题；清肺止咳平喘，可以改善患者的咳嗽不止，呼吸困难；抗炎抗病毒作用可以抑制病毒的复制，抑制系统性炎症反应。所以连花清瘟对流感能起到很好的防治作用。
流感患者往往会出现发热、咳嗽、痰黏不能咳出、咽痛、乏力、肌肉酸痛等这样一个症候群，这都是病毒在人体内繁殖造成的，尤其侵害呼吸道。毒邪进入了人体怎么让它尽快排出呢？中药连花清瘟在治感冒、抗流感方面有这样的特点，可以全面清除患者体内毒素。首先，该药可通过发汗、清肺泄热、下排毒火三个途径让体内蓄积的内火及毒素从人体排出，达到根治目的。用药也正是这种布局，薄荷、麻黄微微发汗以发散外邪，让外邪从汗而出；贯众、板蓝根、银花、连翘、石膏等清肺泄热，体内毒火肃清了，全身不适的内在基础就消失了；大黄下排毒火，让体内蕴积的火热、毒素随大便下排而出。连花清瘟另一个特点是应用了红景天。红景天生长在高寒、高海拔地区，可以提高人体抗疲劳、耐缺氧能力，具有增强免疫作用，可以提高抗病康复能力。
抗甲流发挥重大作用，荣获国家科技大奖
连花清瘟上市后，没有停止深入研究的步伐。研究证实，连花清瘟对甲型H1N1、H3N2、H5N1、H7N9、H9N2，乙型流感病毒、冠状病毒、呼吸道合胞病毒、手足口病病毒EV71、鼻病毒、疱疹病毒、柯萨奇病毒、MERS等均具有抑制作用。
2009年甲型H1N1流感大流行，开展了连花清瘟胶囊治疗甲型H1N1流行性感冒的循证医学研究，研究结果显示连花清瘟在降低甲流患者疾病严重程度方面具有显著效果，连花清瘟组可显著缩短甲流患者发热、咳嗽、肌肉酸痛、乏力、头痛等流感症状持续时间。CCTV新闻联播曾对该研究进行专题报道中药抗甲型H1N1流感取得重大突破。
正因为在2009年甲流这一重大公共卫生事件中发挥的重大作用，连花清瘟荣获2011年度国家科技进步二等奖，这是其他药物所不具备的重大科技创新成果。
从甲型流感、乙型流感、禽流感到新型冠状病毒感染，在这十几年我国发生的病毒传染性重大公共卫生事件中，连花清瘟都获得了治疗方案的推荐，成为治感冒、防流感、治疗新冠病毒感染的代表性中成药。
